En el Consejo Rector están representados todos los centros que integran el IBSAL. Está constituido por los siguientes miembros:
Presidente:
- Excmo. Sr. D. Alejandro Vázquez Ramos, Consejero de Sanidad de la Junta de Castilla y León
Vicepresidente primero:
- Excmo. Sr. D. Juan Manuel Corchado Rodríguez, Rector Magnífico de la Universidad de Salamanca (USAL).
Vicepresidente segundo:
- Excma. Sra. Dª. Eloisa del Pino Matute, Presidenta de la Agencia Estatal Consejo Superior de Investigaciones Científicas, M.P. (CSIC).
Vocales:
- Dª. María Jesús Violeta Martínez Pindado, Directora Gerente de la Gerencia Regional de Salud de Castilla y León
- Dª. María del Rocío Lucas Navas, Consejera de Educación de la Junta de Castilla y León
- Dra. Dolores González Pacanowska, Coordinadora del Área Global de Vida de la Agencia Estatal Consejo Superior de Investigaciones Científicas, M.P. (CSIC)
- Dra. Sonia Martín Pérez, Directora General de Planificación Sanitaria, Investigación e Innovación
- Dr. José Miguel Mateos Roco, Vicerrector de Investigación y transferencia de la Universidad de Salamanca
- D. Luis Alberto Álvarez Espinosa, Gerente del Área de Salud de Salamanca
- Dra. Carmen Rodríguez Pajares, Gerente del Hospital Universitario de Salamanca
- Dr. Álvaro Otero Rodríguez, Director Médico del Hospital Universitario de Salamanca
- Dr. Pedro Luis Sánchez Fernández, Representante de los Investigadores del IBSAL
- Dr. Luis García Ortiz, Director del IBSAL
- Dr. Alberto Caballero García, Director Gerente de la Entidad Gestora (con voz pero sin voto)
Secretaria:
- Dª. Beatriz Muñoz Camargo, Técnico de la Dirección General de la Planificación Sanitaria, Investigación e Innovación de la Consejería de Salud