La Unidad de Genómica y Proteómica (UGP) ofrece recursos para investigar las funciones de los genes y la expresión de las proteínas. El área de genómica presta especial interés en la aplicación de los nuevos métodos de análisis en la expresión del ARN, la variabilidad del ADN y la caracterización de la función de los genes. La UGP es una unidad de servicios que ofrece los conocimientos técnicos y las herramientas necesarias para todas las fases de los análisis genómicos y proteómicos que abarcan desde la preparación de la muestra hasta el análisis y la entrega de datos a los investigadores.

La UGP lleva a cabo varios proyectos de investigación y desarrollo, entre los que cabe destacar: un extenso estudio de reproducibilidad mediante la técnica de microarray; el desarrollo de tecnología de chips para aplicaciones citogenéticas; la evaluación crítica de los umbrales de significación dependientes de señal; la optimización de los protocolos para la hibridación de los genechip y el array Affymetrix; la aplicación de las nuevas metodologías de secuenciación masiva para el estudio de los amplicones mutados en hemopatías malignas y la anotación funcional de nuevos genes. Asimismo, la UGP también es un centro educativo y ofrece talleres sobre genómica y proteómica, prácticas sobre el tratamiento de datos, cursos de doctorado y seminarios.

La Unidad de Proteómica Clínica (UPC) aplica las técnicas de la proteómica al campo de la medicina. Comprende el análisis cuantitativo y cualitativo de las proteínas y los péptidos presentes en los especímenes clínicos, como los tejidos y los líquidos biológicos. Un objetivo fundamental de la proteómica clínica es la búsqueda de biomarcadores. Aunque en la actualidad el principal enfoque de la proteómica clínica es el diagnóstico y el descubrimiento de biomarcadores, la proteómica clínica incluye también la identificación de nuevas dianas terapéuticas, fármacos o vacunas para conseguir mejores resultados terapéuticos y tener éxito en la prevención de las enfermedades.

Por otro lado, la reciente aplicación de la espectrometría de masas en el campo de la Microbiología abre una puerta más a la proteómica, de gran interés clínico, al permitir identificar microorganismos de una forma rápida, fiable y con bajo coste. Por ello, otro objetivo de la UPC es ofrecer un servicio de identificación de microorganismos.

Cartera de Servicios

Área de GENÓMICA

1. Extracción y purificación de ácidos nucleicos (ADN y ARN) a partir de diversas muestras (células, tejidos y muestras en parafina).
2. Secuenciación y análisis de fragmentos de ADN:

• Reacciones de secuenciación.
• Detección de mutaciones.
• Análisis de fragmentos de ADN (productos de PCR y microsatélites).

1. PCR cuantitativa a tiempo real:

• Análisis de la expresión génica.
• Estudio de genes individuales.
• Arrays de baja densidad (Tarjetas microfluídicas).
• Estudios de expresión de microRNAs

1. Estudio de polimorfismos genéticos SNPs (polimorfismos de nucleótido simple):

• Análisis de SNP individuales.
• Genotipado a gran escala (1 millón SNPs).

1. Análisis del transcriptoma mediante tecnología Affymetrix.

 

Área de PROTEÓMICA

1. Preparación de muestras (desalting y concentración por Zip-Tip).
2. Electroforesis (IEF 1D, SDS-PAGE 1D, 2D-PAGE).
3. Tinciones (Coomassie, plata, fluorescencia).
4. Proteómica diferencial (2D-DIGE, Análisis de imagen).
5. Separaciones de proteínas por HPLC monodimensional y bidimensional (ProteomeLab PF 2D).
6. Análisis de pesos moleculares de péptidos y proteínas por espectrometría de masas MALDI-TOF.
7. Identificación de proteínas (Huella de masa peptídica por MALDI-TOF, secuenciación de péptidos por MALDI-TOF/TOF).
8. Caracterización y estudios de modificación postraducional.
9. Identificación de microorganismos mediante espectrometría de masas MALDI-TOF.
10.  Síntesis de péptidos de novo.

Equipamiento y localización

Área de GENÓMICA

En el Servicio de Hematología, planta 1 del HUS:

• Affymetrix Genechip. Sistema completo, con horno de hibridación, unidad de lavado y escáner.
• Pirosecuenciador Pyromark Q24(Qiagen)
• Escáner  de alta densidad (Tekan/Nimblegen).
• UltraSecuenciador 454 Junior (Roche) 
• Robot de extracción automatizado de DNA Magna Pure LC (Roche).
• Secuenciador multicapilar ABI Prism 3130 (Applied Biosystems).
• 7900HT Fast Real Time PCR System (Applied Biosystems) de PCR cuantitativa a tiempo real.
• StepOnePlus Real Time PCR System (Applied Biosystems) de PCR cuantitativa a tiempo real.
• LighCycler  System de PCR cuantitativa (Roche).
• 2 Sistemas 9700 GeneAmp (Applied Biosystems).
• Verity 96 well Thermal Cycler (Applied Biosystems) de PCR.
• 2 Sistemas T3 Thermocycler (Biometra).
• 1 Sistema GeneAmp PCR System 9600 (Perkin-Elmer).
• Espectrofotómetro ND-100 (NanoDrop).

 

Área de PROTEÓMICA

Ubicada en el Laboratorio 109 del Edificio Departamental:

• Sistema de enfoque isoeléctrico (IEF) IPGphor II (GE Healthcare), IPGphor manifold complete (GE Healthcare), bandeja para tiras IPG (7-24 cm) (GE Healthcare).
• Sistema para electroforesis vertical de geles: cubeta para geles 18x16 cm SE 600 RUBY (GE Healthcare), cubeta para geles de 26x20 cm Ettan DALTsix (GE Healthcare), fuente de alimentación EPS 601 (GE Healthcare), baño termostatizado MULTITEMP III (GE Healthcare).
• Sistema de visualización de geles: Scanner de alta sensibilidad para geles fluorescentes IMAGESCANNER II (GE Healthcare), scanner de fluorescencia Ettan DIGE imagen (GE H Healthcare).
• Agitador orbital para tinción de geles.
• Software de análisis de geles bidimensionales Image Master 2D Platinum y DeCyder (GE Healthcare).
• HPLC Ettan LC para micropurificación y prefraccionamiento (GE Healthcare).
• ProteomeLab para separaciones bidimensionales en fase líquida (Beckman Coulter), con software de análisis 32 Karat y Mapping Tools.
• Espectrómetro de masas MALDI-TOF/TOF Autoflex III (Bruker Daltonics).
• Biofotómetro para medida de la concentración de proteínas (Eppendorf).
• Programa y base de espectros Biotyper 2.0 para la identificación de microorganismos mediante espectrometría de masas MALDI-TOF.